Das BASE untersteht der Fach- und Rechtsaufsicht des Bundesministeriums für Umwelt, Naturschutz, nukleare Sicherheit und Verbraucherschutz. Das Ministerium überwacht, ob das BASE bei seinen Tätigkeiten recht- und zweckmäßig handelt. Das BMUV trägt die politische Gesamtverantwortung im Bereich Endlagerung.