Das BASE überwacht den Vollzug des Standortauswahlverfahrens. Dies beinhaltet die Aufsicht darüber, dass die gesetzlichen Vorgaben des Verfahrens von allen Beteiligten beachtet werden. Sie beinhaltet nicht die Unternehmenssteuerung des Vorhabenträgers bei der Endlagersuche, der BGE mbH. Diese liegt bei der Beteiligungsverwaltung des Bundesumweltministeriums.

Darüber hinaus nimmt das BASE im gesetzlich festgelegten Rahmen fachlich-inhaltliche Aufgaben wahr. Dies bedeutet zum Beispiel, dass es das BMUV zu fachlich-inhaltlichen und Verfahrensfragen berät, bis hin zu Entwürfen für Gesetzesänderungen. Diese Rolle ergibt sich aus dem Verhältnis zwischen BASE und BMUV: Das BMUV ist gegenüber dem BASE Fachaufsicht und achtet auf die Rechtmäßigkeit und Zweckmäßigkeit der Handlungen des BASE. In Abgrenzung dazu nimmt das BMUV der BGE mbH gegenüber die Rolle des Beteiligungsmanagements für den Bund als Eigentümer wahr. Die Steuerung des Gesellschafters erfolgt u.a. über Wirtschaftspläne. Eine Fachaufsicht des Staates – also von BMUV oder BASE – gegenüber seinen privatrechtlich organisierten Beteiligungsunternehmen erfolgt nicht.